Analyse de colocalisation 3D

time-lapse tracking

La colocalisation est un outil important pour le biologiste cellulaire. Cette information permet de mesurer la promiscuité de deux molécules fluorescentes dans la cellule.

Segmentation mixte des neurones et des astroglia

Une segmentation particulaire est appliquée sur chaque canal de l’image. Les dendrites des neurones (marquage des microtubules dendritiques) sont détectées avec une première segmentation des larges dendrites.

Deep learning pour la détection d’objets peu contrastés

deep learning

Le Deep Learning (également appelé l’apprentissage profond) fait partie de l’ensemble des méthodes de Machine Learning. Il s’agit donc d’une technique permettant aux machines d’apprendre les mêmes compétences que celles de l’Homme.

Programmation logicielle pour les applications biologiques

Lorsque les outils informatiques disponibles sur le marché ne correspondent pas aux attentes, il est possible de créer un nouvel outil, un nouveau logiciel, un nouveau script, un nouveau programme. Nous présentons ici les logiciels d’imagerie hautement  configurables ainsi que les langages de programmation adaptés aux domaines de l’imagerie, de l’analyse de données et à la visualisation.

Segmentation des compartiments cellulaires

compartiments cellulaires cellular compartments

Chaque compartiment cellulaire a une morphologie propre, une structure fibreuse ne peut donc pas être segmentée de la même manière qu’un spot (kinétocore) ou une structure ronde (noyau).

Croisement d’informations hétérogènes

La masse d’information accessible par internet sur les données biologiques et chimiques est énorme. Ces informations peuvent être utilisées pour enrichir les résultats expérimentaux.

Etude de la directionnalité de la pousse axonale

pousse axonale axon growth

Un explant du bulbe rachidien est cultivé en présence d’un attracteur chimique. La directionnalité de la pousse axonale est étudiée. Dans l’illustration suivante, l’explant est marqué en GFP alpha-tubuline.