Analyse de colocalisation 3D

Mesure de la colocalisation dans les images de microscopie de fluorescence

La colocalisation est un outil important pour le biologiste cellulaire. Cette information permet de mesurer la promiscuité de deux molécules fluorescentes dans la cellule. De nombreuses méthodes mesurent cette information en comparant les images des deux molécules.

colocalisation 3D

Dans l’exemple suivant, les deux marquages fluorescents à gauche et au milieu montrent un pattern de localisation semblable. L’image d’overlay (à droite) est peu informative quant à la colocalisation des deux marqueurs. Une analyse de colocalisation par segmentation est menée pour obtenir sa quantification. Une segmentation par ondelette est appliquée à chaque canal pour détecter les objets fluorescents. Cette segmentation s’effectue en 3D pour augmenter la précision. La mesure de colocalisation est définie comme le ratio de pixels segmentés dans les deux canaux. Alors que l’analyse des images de gauche et du milieu donne de façon visuelle une colocalisation importante, l’analyse quantitative révèle un niveau très bas (5,6%).  L’analyse quantitative permet donc d’éviter les erreurs importantes de l’interprétation visuelle.

3D colocalization

L’illustration suivante permet de mettre en évidence la nécessité de faire les analyses en 3D plutôt que d’analyser les projections 2D.

Références

The Cellular Pathway of CD1e in Immature and Maturing Dendritic Cells. C Angénieux, VFraisier, B Maître, V Racine, N van der Wel, D Fricker, F Proamer, M Sachse, JP Cazenave, P Peters, B Goud, D Hanau, JB Sibarita, J Salamero and H de la Salle. Traffic 2005; 6: 286–302

QUANTACELL