APPLICATIONS · TOXICOLOGIE & CRIBLAGE
Analyse d’images pour la toxicologie et le criblage de médicaments
De l’expérience unique au criblage à haut contenu
La toxicologie et la découverte de médicaments produisent des milliers d’images entre composés, doses, temps et plaques. QuantaCell les transforme en mesures quantitatives robustes : viabilité cellulaire, profils morphologiques, croissance des organoïdes et dose-réponse, des cultures cellulaires 2D aux organoïdes, modèles 3D et coupes tissulaires.
Réalisez l’analyse vous-même avec nos logiciels, ou confiez-la à nos experts en analyse d’images : nous accompagnons la pharma, les biotechs, les CRO et les plateformes de criblage académiques, du développement d’essai aux campagnes de criblage complètes.
Tous les modèles cellulaires, tous les formats d’essai
Tous les modèles cellulaires. Lignées et cellules primaires en 2D, sphéroïdes, organoïdes dont les organoïdes dérivés de patients, co-cultures, modèles tissulaires 3D, et coupes tissulaires issues d’études de toxicologie précliniques.
Tous les formats d’essai. Images uniques, piles en z, séquences time-lapse et plaques multipuits (96, 384 et plus), en fluorescence et en fond clair.
Vos instruments de criblage. AssayScope importe et organise automatiquement les données des systèmes d’imagerie à haut contenu comme Opera Phenix, Operetta CLS, ImageXpress, CellVoyager, ainsi que les systèmes Evident et ZEISS, par plaque, puits, champ et condition, et accepte des plans de plaque personnalisés pour les expériences non standard.
Segmentation 3D d’organoïdes par IA
Ce que nous mesurons
Viabilité et cytotoxicité. Cellules vivantes et mortes, comptage cellulaire, condensation et fragmentation nucléaires.
Prolifération et croissance. Nombre de cellules dans le temps, marqueurs de prolifération, taille, volume et courbes de croissance des organoïdes et sphéroïdes.
Profilage morphologique. Des centaines de descripteurs de morphologie, d’intensité et de texture par cellule ou par organoïde, pour détecter des effets phénotypiques subtils des composés.
Phénotypes subcellulaires. Noyaux, mitochondries, appareil de Golgi et autres organites, spots et foyers dans les cellules.
Organisation spatiale. Positions et distances des cellules dans les organoïdes, par exemple la distance au bord de l’organoïde, et répartition des cellules en 3D.
Dynamique. Suivi en time-lapse des cellules et des organoïdes pour mesurer croissance, mouvements et changements morphologiques.
Gating interactif sur la distance au bord de l’organoïde, avec visualisation 2D et 3D
Les mesures que nous réalisons en toxicologie et criblage
Cytotoxicité et mort cellulaire. Tests live/dead, condensation et fragmentation nucléaires, perméabilité membranaire, marqueurs d’apoptose et de nécrose (caspase-3 clivée, annexine V, iodure de propidium).
Prolifération et cycle cellulaire. Nombre de cellules dans le temps, EdU et Ki67, contenu en ADN et phases du cycle, index mitotique.
Stress cellulaire et organites. Morphologie et potentiel de membrane mitochondriaux, sondes de stress oxydatif, foyers de dommages à l’ADN (γH2AX), test des micronoyaux, gouttelettes lipidiques et stéatose, phénotypes du Golgi et des lysosomes.
Toxicité d’organe. Hépatotoxicité sur hépatocytes et organoïdes de foie, néphrotoxicité, neurotoxicité et croissance des neurites, modèles de poumon et de peau.
Profilage morphologique. Profils multiparamétriques de type Cell Painting, clustering phénotypique et similarité entre composés.
Modèles 3D et organoïdes. Taille, volume et courbes de croissance, forme et compacité, cœurs nécrotiques, lumens et bourgeonnements, viabilité en 3D, phénotypes cellulaires et organisation spatiale dans les organoïdes.
Analyse de criblage. Courbes dose-réponse, IC50 et EC50, cartes de chaleur de plaques, variabilité entre puits, normalisation sur les contrôles, indicateurs qualité comme le facteur Z′, sélection des hits et vérification sur les images.
Histopathologie en toxicologie préclinique. Quantification sur coupes de foie, de rein (par exemple les glomérules), de poumon et de peau : nécrose, inflammation, fibrose et collagène, stéatose, structures propres à chaque organe.
Cribles de génomique fonctionnelle. Cribles phénotypiques ARNi et CRISPR avec lecture par imagerie.
Comparaison de conditions expérimentales sur plusieurs graphiques quantitatifs
De la plaque à la cellule
Avec AssayScope, les résultats de criblage restent reliés à la biologie qui les explique. Partez de la carte de chaleur de la plaque, sélectionnez les puits qui se démarquent, puis descendez jusqu’aux populations, aux cellules ou organoïdes individuels et aux images d’origine. Construisez des populations par gating interactif sur n’importe quelle combinaison de descripteurs, comparez les conditions avec des graphiques multiparamétriques, et exportez des statistiques agrégées par puits, condition ou plaque.
Sélection des hits dans la carte de chaleur de la plaque et vérification dans la visionneuse
Variabilité entre puits selon les conditions expérimentales
Violin plots comparant les conditions sur un descripteur quantitatif
Deux façons de travailler avec QuantaCell
Analysez vos images vous-même. AssayScope pour les essais cellulaires, les modèles 3D et le criblage à haut contenu ; HistoMetriX pour les coupes tissulaires des études de toxicologie précliniques. Les deux fonctionnent sur votre ordinateur : vos images ne quittent jamais votre laboratoire.
Confiez-les à nos experts. Nos services d’analyse d’images 3D et d’organoïdes et nos services d’analyse d’images histologiques prennent en charge les études de criblage et de toxicologie de bout en bout, de la conception d’un workflow adapté à l’essai aux résultats quantitatifs revus avec votre équipe. Chaque projet commence par une étude de faisabilité gratuite sur 5 échantillons représentatifs maximum. Les analyses standard démarrent à 1 500 € et les projets avancés avec développement d’IA sur mesure à 3 000 €.
Nos travaux de recherche en criblage
Notre équipe a co-développé des pipelines d’imagerie et d’analyse 3D à haut débit pour les cultures d’organoïdes, avec quantification phénotypique multi-échelle (Nature Methods, 2022 et 2025), publié des méthodes d’imagerie quantitative de la morphologie mitochondriale pour les études de santé cellulaire et de toxicité environnementale (Comput Struct Biotechnol J, 2023 ; PLOS ONE, 2024), et contribué à un crible ARNi révélant le réseau de signalisation qui contrôle l’appareil de Golgi (Molecular Systems Biology, 2012). Nous développons aussi des méthodes de deep learning pour l’imagerie 3D à feuille de lumière de la fibrose pulmonaire dans le projet ANR FIRE.
Couverture de Nature Methods, mai 2025
FAQ
Quels systèmes d’imagerie à haut contenu sont pris en charge ?
AssayScope importe les données de systèmes comme Opera Phenix, Operetta CLS, ImageXpress et CellVoyager, ainsi que des systèmes Evident et ZEISS, et accepte des plans de plaque personnalisés.
Pouvez-vous analyser des modèles 3D en format criblage ?
Oui. Sphéroïdes et organoïdes sont segmentés en 3D dans chaque puits, et les résultats sont agrégés par puits, condition et plaque.
Calculez-vous des courbes dose-réponse ?
Oui. Les mesures peuvent être comparées entre doses et conditions, normalisées sur les contrôles et résumées en courbes dose-réponse et valeurs d’IC50 ou d’EC50.
Pouvez-vous analyser des coupes tissulaires d’études de toxicologie ?
Oui, avec HistoMetriX ou nos services d’histologie : nécrose, inflammation, fibrose, stéatose et structures propres à chaque organe.
Mes images quittent-elles mon laboratoire ?
Pas avec AssayScope ni HistoMetriX, qui fonctionnent en local. Pour les prestations, vous partagez vos images via notre serveur Nextcloud dédié, ou via la plateforme de votre choix : OneDrive, Google Drive ou le service de partage de votre établissement.
Est-ce destiné au diagnostic ?
Non. Nos logiciels et services sont destinés à la recherche uniquement.
Vous préparez un criblage ou une étude de toxicologie ?
Envoyez-nous quelques images représentatives ou une plaque test : nous évaluons gratuitement la faisabilité et vous recommandons le meilleur workflow, logiciel ou prestation.
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