Simplifiez vos analyses
histologiques avec
HistoMetriX

Grâce à HistoMetriX, le logiciel de quantification en histologie avec de l’IA, accélérez votre découverte de nouveaux biomarqueurs

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Pourquoi choisir
HistoMetriX ?

Alimenté par la technologie de deep learning la plus avancée, HistoMetriX permet de découvrir facilement des informations précieuses et de visualiser les résultats sans avoir besoin d’une expertise technique approfondie.

Avec HistoMetriX, vous pouvez naviguer facilement à travers des ensembles de données complexes, détecter et analyser les structures tissulaires, et extraire des informations significatives en seulement quelques clics.

HistoMetriX optimise les flux de travail, automatise les tâches, et offre des outils d’analyse efficaces, vous permettant d’économiser du temps et des ressources précieuses.

Performance

Analysez plusieurs lames et visualisez rapidement vos résultats.
Facile à utiliser

Un logiciel qui ne nécessite pas de compétences informatiques avancées grâce à son interface organisée en worflow . Il est compatible avec différents scanners de lames.
Polyvalence

Un logiciel qui s'adapte à divers domaines de recherche (structures tissulaires et cellulaires, mesures et analyses) et d'industries (pharmacologie, biotech, CRO).
Securité

Pas de cloud. Par conséquent, aucune image ou donnée ne quitte votre laboratoire pour une sécurité optimale de vos données.
Notre service client

À QuantaCell, nos clients sont des partenaires, et nous nous engageons à les soutenir dans leur adoption d'HistoMetriX.

Etudes de cas

Automated Ki67 Scoring with HistoMetriX

Set up in minutes. Results in seconds. Same answer every time.

HistoMetriX : le logiciel d'histologie et d'histopathologie
pour simplifier votre analyse tissulaire

Une fois vos lames histologiques numérisées, vous pourrez :

Détecter les noyaux, les cellules et les structures tissulaires
Réaliser des analyses morphométriques et de biologie spatiale
Compter les cellules et/ou identifier des types cellulaires spécifiques
Analyser des TMA (Tissue MicroArrays)
Effectuer des analyses de colocalisation et de multiplexage

Entraîner vos modèles d’apprentissage profond
Visualiser vos résultats en détail grâce à des graphiques liés aux images

Exécuter un pipeline d’analyse prêt à l’emploi pour obtenir vos résultats encore plus rapidement.

Détection des noyaux

Détection des noyaux présentant différentes densités
Détection des noyaux par marquage fluorescent (DAPI)
Détection d'une membrane

Détection de membrane en condition de fond clair
Détection membranaire en condition de fluorescence
Détection des tissus

Détection de l'épiderme sous différentes colorations en fond clair à l'aide d'un modèle d'apprentissage profond

Détection des zones tumorales
Entraînement de l'IA et modèle pré-entraîné
HistoMetriX offre la possibilité d'entraîner ou d'intégrer des modèles d'IA pour améliorer la segmentation ou la classification en fonction du contexte expérimental.
Fonctionnalités d’IA :

Utilisation de modèles pré-entraînés : détection du noyau (ex. : Stardist), détection de la membrane (ex. : Cellpose), détection de la structure tissulaire (ex. : épiderme, etc.).

Entraînement de modèles d’apprentissage profond personnalisés pour la détection de la structure tissulaire (architecture U-Net) à partir de jeux de données annotés.

Adaptation à diverses structures tissulaires : amygdale, ganglion lymphatique, rate, etc.

Réutilisation de modèles validés pour standardiser les analyses entre les projets.
Aperçu des modèles pré-entraînés
Classification des cellules
HistoMetriX permet la création et la classification de populations cellulaires, en combinant des approches basées sur des seuils avec des méthodes de regroupement automatisées.
Méthodes utilisées :

Classification manuelle par seuillage (intensité, surface, etc.).

Classification automatique, où les utilisateurs peuvent définir les caractéristiques pertinentes (paramètres d’intensité et/ou morphométriques) et orienter le processus de classification selon leurs besoins.
Classification manuelle utilisant des seuils

Détection et classification des noyaux (rouge et vert), segmentation DAB (bleu)
Classification des noyaux dans l'épiderme (vert) et le derme (rouge)
Classement automatisé

Exemple de regroupement et de classification cellulaire (exemple pour 10 types cellulaires : lymphocytes B, lymphocytes T auxiliaires, …)
Quantification et analyse spatiale
Distance entre les cellules associées au microenvironnement tumoral, représentée par un gradient rouge-jaune des cellules les plus proches aux plus éloignées.
HistoMetriX intègre des outils dédiés à l'analyse quantitative de la biologie spatiale, permettant la mesure et la caractérisation précises de l'organisation cellulaire au sein des tissus. Ces outils permettent non seulement l'étude des relations spatiales entre les populations cellulaires – essentielle pour les analyses immunologiques et tumorales – mais aussi la quantification robuste de multiples paramètres biologiques.
Analyses disponibles :

Quantification des populations cellulaires par comptage et classification automatisés.

Calcul des distances intercellulaires et interpopulationnelles (voir image 5), permettant une évaluation quantitative de la proximité spatiale et des interactions.

Calcul de la densité cellulaire locale ou spécifique à un type cellulaire dans des régions définies par l’utilisateur (ROI, follicules, zones tumorales, etc.), permettant la mesure des gradients d’infiltration ou des zones d’accumulation cellulaire.

Quantification des zones marquées et des compartiments tissulaires (mesure de surface, épaisseur, longueur, circularité, descripteurs morphologiques).

Mesure de l’intensité des marqueurs au niveau unicellulaire ou régional, permettant une évaluation quantitative des niveaux d’expression protéique.

Analyse de colocalisation avec des métriques quantitatives (coefficients de chevauchement, mesures de proximité), permettant une évaluation objective de la co-expression des marqueurs.

Détection et quantification de spots, incluant le comptage et la mesure de l’intensité des signaux subcellulaires.
HistoMetriX offre ainsi un cadre complet pour l'analyse spatiale et quantitative, combinant mesures morphologiques, spatiales et moléculaires afin de favoriser une interprétation biologique reproductible et fondée sur les données.

Visualisation et exploration des résultats :

Visualisation des résultats sur une ROI
Visualisation des résultats sur un objet détecté