Simplifiez l’analyse d’images d’histologie avec HistoMetriX

Transformez vos images d’histologie et de pathologie digitale en données quantitatives avec HistoMetriX, le logiciel d’IA pour l’analyse des tissus, des cellules et de leur organisation spatiale.

Demander une démonstration sur vos données

Histology image analysis with HistoMetriX software

Pourquoi choisir
HistoMetriX ?

HistoMetriX transforme vos images d’histologie et histopathologie en données quantitatives fiables et exploitables.

Grâce au Deep Learning et à une interface pensée pour les biologistes et pathologistes, automatisez vos analyses, explorez vos tissus et quantifiez cellules et marqueurs sans expertise avancée en analyse d’images.

Plongez dans l’histologie quantitative avec HistoMetriX !

Performance

Analysez plus d’images, plus rapidement.
Traitez plusieurs lames, automatisez vos quantifications et visualisez immédiatement vos résultats pour accélérer vos études.
Facile à utiliser

De l’image aux résultats en quelques clics.
Une interface intuitive organisée en workflows vous guide à chaque étape de l’analyse, sans programmation ni compétences informatiques avancées. HistoMetriX est compatible avec les principaux formats d’images et scanners de lames.
Polyvalence

Un logiciel, de nombreuses applications.
Détection de cellules, segmentation de tissus, quantification de marqueurs, mesures morphologiques ou analyses spatiales : adaptez vos workflows à vos projets en recherche, pharma, biotech, CRO ou dermo-cosmétique.
Securité

Vos images restent chez vous.
HistoMetriX fonctionne directement sur votre ordinateur, sans transfert vers le cloud. Vos images et vos données restent ainsi au sein de votre laboratoire et sous votre contrôle.
Notre service client

Des experts en analyse d’images à vos côtés.
Chez QuantaCell, nous ne vous fournissons pas seulement un logiciel. Notre équipe vous accompagne dans la prise en main d’HistoMetriX, la création de vos analyses et l’adaptation des workflows à vos problématiques scientifiques.

Etudes de cas

Automated Ki67 Scoring with HistoMetriX

Set up in minutes. Results in seconds. Same answer every time.

Des images d’histologie et de pathologie digitale aux données quantitatives

Transformez vos lames histologiques numérisées en données quantitatives pertinentes avec HistoMetriX. De la détection des tissus et des cellules à la quantification des biomarqueurs et à l’analyse spatiale, HistoMetriX réunit vos workflows d’analyse d’images d’histologie et d’histopathologie dans un environnement intuitif.

Workflow d’analyse d’images d’histologie avec HistoMetriX : identifier, quantifier, adapter et valider

Détection des noyaux
HistoMetriX détecte automatiquement les noyaux dans vos images d’histologie et de fluorescence afin de réaliser des comptages cellulaires fiables et reproductibles.
Fonctionnalités :

Détection automatique des noyaux sur l’ensemble de la lame ou dans des régions d’intérêt.

Utilisation de modèles de Deep Learning pré-entraînés pour une détection robuste des cellules, indépendamment du marquage utilisé.

Mesure de paramètres morphologiques et d’intensité pour chaque noyau détecté.

Visualisation et validation des détections directement sur l’image.
Détection des noyaux présentant différentes densités et différents marquages
Détection des noyaux par marquage fluorescent (DAPI)
Détection d'une membrane
HistoMetriX permet de détecter les contours cellulaires à partir du marquage membranaire afin de délimiter les cellules et quantifier précisément leur signal.
Fonctionnalités :

Détection automatique des membranes et segmentation des cellules.

Utilisation de modèles de Deep Learning pré-entraînés pour une segmentation robuste des cellules avec différents types de marquage.

Mesure de l’intensité des marqueurs au niveau cellulaire.

Association des informations nucléaires et membranaires pour une analyse complète de chaque cellule.
Détection de membrane en condition de fond clair
Détection membranaire en condition de fluorescence
Détection des tissus
HistoMetriX segmente automatiquement les différentes structures présentes dans vos coupes histologiques afin de quantifier les cellules et les marqueurs dans leur contexte tissulaire.
Fonctionnalités :

Segmentation automatique de multiples structures et compartiments tissulaires.

Modèles de Deep Learning de dernière génération, incluant les Vision Transformers, combinant rapidité, précision et adaptabilité.

Quantification des cellules, marqueurs et paramètres morphologiques au sein de chaque région.

Visualisation directe des segmentations sur la lame pour contrôler et valider facilement les résultats.
Détection de l'épiderme sous différentes colorations en fond clair à l'aide d'un modèle d'apprentissage profond

Détection des zones tumorales
Entraînement de l'IA et modèle pré-entraîné
Exploitez la puissance du Deep Learning de dernière génération directement dans HistoMetriX. Utilisez des modèles pré-entraînés ou créez vos propres modèles à partir de vos annotations pour adapter l’analyse à vos tissus, vos marquages et vos questions biologiques.
L’IA dans HistoMetriX :

Modèles pré-entraînés prêts à l’emploi pour détecter noyaux, cellules, membranes et structures tissulaires.

Entraînement de modèles personnalisés directement à partir de vos images et annotations, sans programmation.

Architectures de Deep Learning de dernière génération, incluant des modèles rapides et performants et les Vision Transformers.

Adaptation à vos propres tissus et applications, quelle que soit la structure biologique étudiée.

Réutilisation et partage de modèles validés pour accélérer vos nouvelles études et standardiser vos analyses.

De vos annotations à votre propre modèle d’IA, directement dans HistoMetriX.
Détection automatique de l’échantillon, de ses contours et de la région tissulaire sur une lame d’histologie numérisée (Whole Slide Image).
Détection et segmentation automatiques des fibres musculaires pour l’analyse quantitative de leur morphologie, taille, surface et organisation dans le tissu.
Détection et segmentation automatiques des glomérules pour l’analyse quantitative des structures rénales, de leur morphologie, taille, surface et distribution dans le tissu.
Détection et segmentation automatiques de l’épithélium pulmonaire pour l’analyse quantitative des voies respiratoires, de leur morphologie et de leur organisation tissulaire.
Détection et segmentation automatiques des régions tumorales pour l’analyse quantitative de la tumeur, de sa morphologie et de son microenvironnement tissulaire.
Détection et segmentation automatiques de l’épiderme pour l’analyse quantitative de son épaisseur et de sa morphologie. L’approche peut être adaptée à d’autres structures en couches, telles que le derme, la cornée ou d’autres compartiments tissulaires.
Détection et quantification automatiques de la fibrose et des structures associées pour caractériser le remodelage tissulaire, notamment les zones fibreuses, le collagène et leur organisation dans le tissu.
Détection et quantification automatiques de la fibrose dans des images en fluorescence de tissu pulmonaire.
Classification des cellules
HistoMetriX permet d’identifier et de quantifier différentes populations cellulaires à partir de leurs caractéristiques d’intensité, de morphologie ou de leur localisation dans le tissu.
Avec HistoMetriX, vous pouvez :

Définir des populations cellulaires en combinant autant de seuils que nécessaire sur différentes caractéristiques d’intensité, de morphologie ou spatiales.

Entraîner des modèles de Machine Learning à partir de vos propres annotations pour classifier automatiquement les cellules.

Explorer automatiquement les populations présentes dans vos données grâce à des méthodes non supervisées de clustering et de seuillage automatique.

Visualiser les différentes populations directement sur l’image et quantifier leur abondance et leur distribution.
Classification par seuillage

Définissez simplement vos populations cellulaires en combinant autant de seuils que nécessaire sur des caractéristiques d’intensité, de morphologie ou spatiales.

Détection et classification des noyaux (rouge et vert), segmentation DAB (bleu)
Classification des noyaux dans l'épiderme (vert) et le derme (rouge)
Classification supervisée par Machine Learning

Annotez des exemples des populations que vous souhaitez identifier et entraînez HistoMetriX à classer automatiquement les cellules à partir de leurs caractéristiques.

Classification automatique de différentes populations de cellules sanguines à partir d’exemples annotés par l’utilisateur.
Classification des cellules vacuolisées et non vacuolisées pour l’évaluation quantitative de la vacuolisation cutanée.
Classification non supervisée

Explorez automatiquement les populations présentes dans vos données grâce à des méthodes non supervisées telles que le clustering et le seuillage automatique.

Exemple de clustering non supervisé et de classification en 10 populations cellulaires (cellules B, lymphocytes T helper, etc.).
Quantification et analyse spatiale
HistoMetriX transforme les cellules et structures tissulaires détectées en données quantitatives et spatiales, afin de caractériser les tissus, les populations cellulaires, l’expression des marqueurs et leurs relations spatiales.
Avec HistoMetriX, vous pouvez :

Quantifier les populations cellulaires : mesurer le nombre, la densité et la proportion des différentes populations cellulaires.

Mesurer les relations spatiales : analyser les distances et la proximité entre cellules, populations cellulaires et structures tissulaires.

Caractériser la distribution des cellules dans les tissus : analyser la densité locale, l’infiltration et l’accumulation dans des régions tissulaires spécifiques.

Quantifier les structures et compartiments tissulaires : mesurer leur surface, épaisseur, longueur et caractéristiques morphologiques.

Mesurer l’expression des marqueurs : quantifier leur intensité à l’échelle de la cellule individuelle ou dans des régions d’intérêt.

Analyser la colocalisation des marqueurs : quantifier la co-expression et l’association spatiale de plusieurs marqueurs.

Détecter et quantifier des spots : analyser les spots et autres signaux subcellulaires au sein des cellules et des tissus.
Analyse spatiale des distances entre cellules du microenvironnement tumoral, des plus proches aux plus éloignées.
Visualisation et exploration des résultats
HistoMetriX permet d’explorer vos résultats directement dans leur contexte biologique, en reliant les données quantitatives aux cellules, structures et régions correspondantes dans vos images.
Avec HistoMetriX, vous pouvez :

Visualiser vos quantifications sous forme de graphiques et distributions.

Explorer les résultats d’une région d’intérêt (ROI) et comparer différentes zones de vos tissus.

Sélectionner un objet ou une population dans vos données et retrouver les éléments correspondants dans l’image.

Contrôler visuellement vos résultats pour valider vos segmentations, classifications et quantifications.

Explorer interactivement vos données afin d’identifier plus facilement tendances, populations ou valeurs d’intérêt.
Visualisation des résultats sur une ROI
Visualisation des résultats sur un objet détecté
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Analyse 3D de tissu cérébral de rat avec segmentation cellulaire et gating d’une population cellulaire spécifique.