Projets
et recherche
Nos travaux couvrent les domaines de l’intelligence artificielle, l’analyse d’images 3D, l’imagerie des organoïdes et l’innovation biomédicale.
Nos collaborations
scientifiques
Chez QuantaCell, nous collaborons dans des contextes très variés (projets académiques, collaborations hospitalières, partenariats industriels, projets ANR, notamment PRC, PRCI et PRCE, appels régionaux et nationaux, programmes européens tels qu’Horizon Europe, l’EIC ou l’ERC, ainsi que certains dispositifs de financement internationaux comme les programmes NIH, NSF ou SBIR/STTR) avec une approche à la fois scientifique, méthodologique et opérationnelle.Grâce à notre positionnement à l’interface des sciences du vivant, de l’imagerie, de la donnée et du logiciel, nous contribuons à transformer des questions biologiques ou médicales complexes en workflows analytiques robustes, exploitables et à forte valeur scientifique.
Vous préparez un projet de recherche ?
Nous serions ravis d’en discuter avec vous dès les premières étapes, afin de comprendre vos objectifs, d’évaluer sa faisabilité et de construire ensemble les protocoles d’imagerie et les méthodes d’analyse quantitative les plus adaptés.
CHU de Montpellier — Anatomopathologie
PI : Vanessa Lacheretz Szablewski
Outils d’IA pour gradation automatique des cancers ORL et analyse d’impact de mutations génétiques.
Institut Curie, Paris
PI : Matthieu Piel
Méthodes innovantes combinant microfabrication + optique avancée + quantification du cycle cellulaire.
Centre Léon Bérard – Lyon
PIs : Pierre-Etienne Heudel, Hugo Crochet
Intégration imagerie corps entier + données cliniques pour sarcopénie et ajustement des doses en immunothérapie.
Institute of Mechanobiology, Singapore
PI : Anne Beghin
Analyse quantitative avancée pour modèles cellulaires 3D & organoïdes, avec publications majeures (Nature Methods).
IHU Immun4Cure — CHU de Montpellier
PIs : Jérôme Reboul, Anthony Boureux, Kevin Yauy
Projet AI4AI : modèles d’IA intégrant multi-omics + données cliniques pour maladies auto-immunes.
Nos publications
scientifiques
Nature Methods - Mai 2025
Digitalized organoids: integrated pipeline for high-speed 3D analysis of organoid structures using multilevel segmentation and cellular topology
Nat Methods.2025 May;22, 1343–1354. doi: 10.1038/s41592-025-02685-4. Epub 2025 May 14. Autors : Hui Ting Ong, Esra Karatas, Titouan Poquillon, Gianluca Grenci, Alessandro Furlan, Florian Dilasser, Saburnisha Binte Mohamad Raffi, Damien Blanc, Elise Drimaracci, Dimitri Mikec, Gaetan Galisot, Blake A. Johnson, Albert Zou Liu, Cora Thiel, Oliver Ullrich, OrgaRES Consortium, Victor Racine & Anne Beghin. Keywords : Organoids, Morphology, Biomedical Research
J Clin Invest - Avril 2024
Human NLRC4 expression promotes cancer survival and associates with type I interferon signaling and immune infiltration
23,134(11):e166085. doi: 10.1172/JCI166085. Authors : Charlotte Domblides, Steven Crampton, Hong Liu, Juliet M Bartleson, Annie Nguyen, Claudia Champagne, Emily E Landy, Lindsey Spiker, Christopher Proffitt, Sunil Bhattarai, Anissa P Grawe, Matias Fuentealba Valenzuela, Lydia Lartigue, Isabelle Mahouche, Jeremy Dupaul-Chicoine, Kazuho Nishimura, Félix Lefort, Marie Decraecker, Valérie Velasco, Sonia Netzer, Vincent Pitard, Christian Roy, Isabelle Soubeyran, Victor Racine, Patrick Blanco, Julie Déchanet-Merville, Maya Saleh, Scott W Canna, David Furman, Benjamin Faustin. Keywords: Cancer immunotherapy, Cellular immune response, Immunology, Innate immunity, Oncology.
Front nucl med - Janvier 2024
Automatic deep learning method for third lumbar selection and body composition evaluation on CT scans of cancer patients
10,3:1292676. doi: 10.3389/fnume.2023.1292676. eCollection 2023. Authors : Lidia Delrieu, Damien Blanc, Amine Bouhamama, Fabien Reyal, Frank Pilleul, Victor Racine, Anne Sophie Hamy, Hugo Crochet, Timothée Marchal, Pierre Etienne Heudel. Keywords: body composition, cancer; computed tomography, deep learning, sarcopenia.
Nature Methods - Juillet 2022
Automated high-speed 3D imaging of organoid cultures with multi-scale phenotypic quantification
19(7):881-892. doi: 10.1038/s41592-022-01508-0. Epub 2022 Jun 13.Autors : Anne Beghin, Gianluca Grenci, Geetika Sahni, Su Guo, Harini Rajendiran, Tom Delaire, Saburnisha Binte Mohamad Raffi, Damien Blanc, Richard de Mets, Hui Ting Ong, Xareni Galindo, Anais Monet, Vidhyalakshmi Acharya, Victor Racine, Florian Levet, Remi Galland, Jean-Baptiste Sibarita, Virgile Viasnoff. Keywords : 3D imaging, Deep Learning, Quantification.
Diagn Interv Imaging - Décembre 2020
Artificial intelligence solution to classify pulmonary nodules on CT
101(12):803-810. Autors : D Blanc, V Racine, A Khalil, M Deloche, J-A Broyelle, I Hammouamri, E Sinitambirivoutin, M Fiammante, E Verdier, T Besson, A Sadate, M Lederlin, F Laurent, G Chassagnon, G Ferretti, Y Diascorn, P-Y Brillet, Lucie Cassagnes, C Caramella, A Loubet, N Abassebay, P Cuingnet, M Ohana, J Behr, A Ginzac, H Veyssiere, X Durando, I Bousaïd, N Lassau, J Brehant. Keywords : Deep learning, Retina-UNET, 3D U-Net, PyTorch
Transl Psychiatry - Octobre 2020
Mitochondrial morphology is associated with respiratory chain uncoupling in autism spectrum disorder
11(1):527. Autors : RE Frye, L Lionnard, I Singh, MA Karim, H Chajra, M Frechet, K Kissa, V Racine, A Ammanamanchi, PJ McCarty, L Delhey, M Tippett, S Rose, A Aouacheria. Keywords : Cell segmentation, nuclei segmentation, statistics, AssayScope
Methods Cell Biol - Janvier 2017
Fluorescence eXclusion Measurement of volume in live cell
Auteurs : Cadart C, Zlotek-Zlotkiewicz E, Venkova L, Thouvenin O, Racine V, Le Berre M, Monnier S, Piel M. Keywords : Mass analysis. Biophysics, Microfluidcs
Nature Commun - Juin 2014
Synaptic recruitment of gephyrin regulates surface GABAA receptor dynamics for the expression of inhibitory LTP
Auteurs :Petrini EM, Ravasenga T, Hausrat TJ, Iurilli G, Olcese U, Racine V, Sibarita JB, Jacob TC, Moss SJ, Benfenati F, Medini P, Kneussel M, Barberis A. Keywords : Neuroscience, dynamique des récepteurs, suivi dans le temps, segmentation
Optics Express - Janvier 2012
Wavelet analysis for single molecule localization microscopy
20(3):2081-95. PDF Auteurs :Izeddin I, Boulanger J, Racine V, Specht CG, Kechkar A, Nair D, Triller A, Choquet D, Dahan M, Sibarita JB. Keywords : TIRF/PALM, SPT, détection moléculaire, imagerie avancée, ondelettes, fit gaussien, traitement des images
Molecular Systems Biology - Janvier 2012
RNAi screening reveals a large signaling network controlling the Golgi apparatus in human cells
Auteurs :Chia J, Goh G, Racine V, Ng S, Kumar P, Bard F. Keywords : Criblage phénotypique, structure cellulaire, siRNA, machine learning, statistiques
Nature - Mai 2007
Experimental and theoretical study of mitotic spindle orientation
447(7143):493-6. Auteurs :Théry M, Jiménez-Dalmaroni A, Racine V, Bornens M, Jülicher F. Keywords : Cellule unique, détection et segmentation de compartiments, adhésion, microscopie automatisée, visualisation des données, modèle théorique, cytosquelette
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