AssayScope : un workflow complet pour l’analyse quantitative d’images 3D

De la segmentation 3D au criblage à haut contenu, AssayScope transforme vos images d’organoïdes, sphéroïdes et tissus 3D en données quantitatives exploitables.

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AssayScope : un workflow complet pour l’analyse quantitative d’images 3D

AssayScope combine segmentation 2D et 3D, quantification multiparamétrique, analyse spatiale et analyse interactive des populations dans un workflow unique conçu pour les organoïdes, sphéroïdes, cultures cellulaires et tissus 3D.

Segmentez et quantifiez noyaux, membranes, organoïdes, structures marquées, spots et autres objets d’intérêt. Extrayez des caractéristiques morphologiques, d’intensité et spatiales, explorez les populations par gating interactif et comparez les résultats entre champs, puits et conditions expérimentales. De l’image 3D individuelle aux expériences sur plaques, AssayScope conserve un lien direct entre les résultats quantitatifs, les objets biologiques correspondants et les images.

Segmentation 2D & 3D polyvalente

Segmentez noyaux, membranes, organoïdes, structures marquées, spots et autres objets d’intérêt grâce à l’IA et à des méthodes avancées d’analyse d’images.
Visualisation 3D

Visualisez les objets segmentés et leurs mesures directement dans vos images 3D et explorez interactivement vos résultats.
Quantification multiparamétrique

Extrayez automatiquement les caractéristiques morphologiques, d’intensité et spatiales de chaque objet détecté.
Analyse de populations & gating

Identifiez et explorez des sous-populations à partir de caractéristiques morphologiques, d’intensité et spatiales, avec un gating interactif directement relié aux images.
Analyse spatiale

Quantifiez les distances, positions et relations spatiales entre cellules, organoïdes et autres objets biologiques.
Criblage à haut contenu

Analysez vos expériences sur plaques à l’échelle des champs, puits et conditions pour générer des readouts quantitatifs à partir de grandes séries d’images 3D.

AssayScope : une analyse d’images 3D puissante, conçue pour les biologistes

De l’analyse d’images avancée aux résultats biologiques

AssayScope réunit analyse avancée d’images 3D et analyse à haut contenu dans un environnement intuitif conçu pour la recherche en biologie. Analysez des expériences d’imagerie complexes sans avoir à développer vos propres pipelines d’analyse d’images.

Conçu pour les biologistes — Des outils interactifs rendent l’analyse avancée d’images 3D accessible sans programmation ni expertise en analyse d’images.

Gardez le lien avec vos images — Explorez mesures, populations et résultats de gating tout en conservant un lien direct avec les objets correspondants dans vos images.

D’une image à une expérience complète — Utilisez le même workflow pour analyser une image 3D individuelle ou de grandes expériences sur plaques, à l’échelle des champs, puits et conditions.

Segmentation 2D & 3D polyvalente

AssayScope Segmenter détecte et segmente une grande variété d’objets biologiques dans les images 2D et 3D, notamment les noyaux, membranes, organoïdes, structures marquées et spots. Des méthodes basées sur l’IA et le traitement d’images peuvent être combinées et adaptées aux différentes structures biologiques et conditions d’imagerie.

Segmentation 3D des noyaux dans un organoïde

Segmentation 3D des noyaux et membranes cellulaires

Fonctionnalités — Combinez des méthodes basées sur l’IA et le traitement d’images dans des workflows 2D et 3D flexibles, adaptés aux différentes résolutions, conditions d’acquisition et structures biologiques. Extrayez automatiquement des mesures morphologiques, d’intensité et spatiales à partir des objets segmentés.

Expérience utilisateur — Construisez et ajustez vos workflows de segmentation dans une interface interactive, sans programmation. Contrôlez les résultats directement sur vos images et en 3D, puis exportez-les ou poursuivez l’analyse dans AssayScope Profiler.

Évaluation interactive de la segmentation 3D des noyaux

Segmentation cellulaire 3D pour l’analyse quantitative

© Images d'organoïdes reproduites avec l'aimable autorisation de Furlan et Vincent, laboratoire CANTHER et plateforme OrgaRes, Univ.Lille, CNRS, Inserm
Quantification multiparamétrique & analyse spatiale

Une fois les objets segmentés, AssayScope extrait automatiquement des caractéristiques quantitatives décrivant leur morphologie, leur intensité et leur organisation spatiale. Les mesures peuvent être réalisées à différents niveaux biologiques, des noyaux et cellules individuels jusqu’aux organoïdes et autres structures d’intérêt.

Fonctionnalités — Quantifiez les caractéristiques morphologiques et d’intensité de chaque objet segmenté. Mesurez les positions, distances et relations spatiales entre objets et structures. Analysez la localisation des objets au sein des organoïdes ou d’autres régions d’intérêt afin de caractériser leur organisation spatiale.

Expérience utilisateur — Les mesures sont automatiquement associées à chaque objet segmenté et restent reliées aux images d’origine. Explorez les résultats quantitatifs tout en conservant un retour visuel direct sur les structures biologiques correspondantes.

Distribution du volume des noyaux (µm³)
Volume des noyaux versus intensité moyenne dans un canal
Variabilité entre puits selon les conditions expérimentales
Comparaison de l’intensité moyenne d'un canal entre différents puits
Analyse de populations & gating interactif

AssayScope transforme les mesures quantitatives en populations biologiquement pertinentes. Explorez et classez cellules, organoïdes ou autres objets selon leurs propriétés morphologiques, d’intensité et spatiales.

Fonctionnalités — Créez des populations par gating interactif à partir de combinaisons de paramètres quantitatifs. Explorez les caractéristiques morphologiques, d’intensité et spatiales afin d’identifier des phénotypes et sous-populations d’intérêt.

Expérience utilisateur — Conservez un lien direct entre données et images : sélectionnez une population ou une région de gating et visualisez immédiatement les objets correspondants dans leur contexte 2D ou 3D d’origine. Ajustez interactivement vos gates tout en explorant vos données biologiques.

Gating interactif basé sur la distance au bord de l’organoïde avec retour visuel 2D et 3D en temps réel

Contrôle par retour d'image 3D

© Images d'organoïdes reproduites avec l'aimable autorisation de Furlan et Vincent, laboratoire CANTHER et plateforme OrgaRes, Univ.Lille, CNRS, Inserm
Analyse & criblage à haut contenu

AssayScope étend l’analyse quantitative d’images 3D à des expériences complètes sur plaques. Organisez et analysez de grandes séries d’images à l’échelle des plaques, puits, champs et conditions expérimentales, des objets segmentés jusqu’aux readouts de screening.

Fonctionnalités — Importez et organisez automatiquement les données d’imagerie issues de systèmes d’acquisition sur plaques multi-puits, notamment Opera Phenix, Operetta CLS, ImageXpress et CellVoyager, selon la plaque, le puits, le champ et la condition expérimentale. AssayScope prend également en charge des configurations de plaques personnalisées pour les expériences non standard. Comparez mesures et populations entre puits et conditions et générez des statistiques agrégées pour vos expériences à haut contenu.

Expérience utilisateur — Naviguez des résultats à l’échelle de la plaque jusqu’aux populations et objets individuels tout en conservant un lien direct avec les images d’origine. Explorez interactivement les effets expérimentaux et identifiez les objets biologiques à l’origine de vos readouts quantitatifs.

Explorez les readouts HCS de la heatmap de la plaque jusqu’aux images des puits individuels

Comparaison multiparamétrique des readouts quantitatifs entre conditions expérimentales